摘要

2018-07-19

本论文主要研究内容是将传统的全基因组测序与Hadoop框架结合的大数据测序平台研发，通过Hadoop中的HDFS分布式存储系统来提供高可靠的存储服务，结合基因测序的一系列软件工具（如：BWA、Samtools、Picard和GATK等）来进行测序流程设计，并引入第三方FreeMarker模板引擎来制定模板脚本，针对不同的样本数据生成定制化的脚本处理文件。将各个样本的处理脚本与Hadoop框架的MapReduce计算框架结合，以Map任务的方式提交到Hadoop集群的各个计算节点的Container容器中运行，从而实现基因测序的并行化测序处理流程，得到样本组中各个样本对的单体变异检测gVCF文件。再通过一个Reduce任务，将各个Map阶段的变异检测结果中包含基因变异位点的信息汇总到一个VCF文件，得到最终多个样本准确的变异集合。

集合与线程实现

2017-11-30

语言 / Java

集合

迭代器

public interface Iterator<E>{
	E next();
	boolean hasNext();
	void remove();
}

接口与内部类

2017-11-30

语言 / Java

接口

重难点总结：
1、接口中的所有方法自动地属于public，在接口声明方法时，不必提供关键字public，但是在实现接口编写具体的接口方法时，需要加上public修饰符。

2、在接口中可以定义常量(默认就是用public static final修饰)。接口中绝对不能含有实例域或静态方法，也不能在接口中实现方法。

反射机制与代理机制

2017-11-30

语言 / Java

反射

获得对应的Class对象，以及创建其实例

三种获取对应Class对象的方法

零碎注意点

2017-11-30

语言 / Java

在DOS命令行下执行命令运行Java文件：
1、运行jar包 java -jar test.jar
2、编译Java文件 javac test.java
3、运行Java的字节码文件 java test
4、调试Java文件 jdb test.java
5、生成Java doc文件 javadoc test.java